函館地裁S63.2.29
タクシー会社が人身死亡事故を起こした乗務員を、刑事事件についての裁判所の判断が出るまでの期間「特別休職処分」とし、期間中は無給とした
→就業規則で「会社が特に休職とすることを必要と認めたときは、特別休職を命じることができる。」とされ、その期間の給与については「その都度決定する」とある。本件の特別休職処分は、死亡事故を起こしたタクシー運転手を司法機関の処分未了の間に営業車に乗務させることによる利用者の不安を避けることを目的としたものと一応認められる。このような目的に基づき、経営者の判断として、司法機関の処分が出るまでの間と期間を定めてなされた特別休職処分は無効とはいえない。そして、就業規則が、期間中の給与について「その都度決定する」と定めたのは、特別休職期間中の給与について、任意規定である民法536条2項の適用を排除する趣旨を含む。しかし、強行規定である労働基準法26条は適用されるから、会社は特別休職処分の期間中、平均賃金の6割の休業手当の支払義務を負うと判断

このように、就業規則により民法536条2項の適用を排除することは、裁判例でも認められています。
ただ、少しややこしい話をすると、ポストの事案でいえば、本当は民法536条2項の適用が排除されているかどうかが議論されるべき事案ではなく、そもそも民法536条2項がもともと適用されない事案なのではないかと感じます。
民法536条2項の適用は、使用者の責めに帰すべき事由により労働者を休業させることが要件となるところ、人身死亡事故を起こしたタクシー運転手を刑事事件の結論が出るまで休ませることは、「使用者の責めに帰すべき事由」とはいえないからです。
民法536条2項が本来適用される場面における適用排除に関する議論と、民法536条2項がそもそも適用されるかどうかの議論をまぜこぜにするのは適切ではありません。
他の裁判例でもこの点をまぜこぜにしておかしな議論になってしまっている例が見られます（大阪地裁H28.12.15など）。